W 1458 roku, w dniu śmierci papieża Kaliksta III z rodu Borgia, wydawało się, że oto wybiła godzina jego siostrzeńca, Rodriga. Jednakże musiał on przeczekać pontyfikaty czterech kolejnych papieży, zanim sam zasiadł na Piotrowym stolcu. Urodził się w hiszpańskiej miejscowości Jativa koło Walencji. Jako osiemnastolatek wyjechał do Rzymu, zaś w wieku dwudziestu pięciu lat dostąpił wyniesienia do godności kardynała, a tym samym zaufanego papieskiego nepota. Siostrzeniec nie zawiódł pokładanych w nim nadziei, był sprawnym organizatorem, zdolnym strategiem i politykiem. Jego umiejętności dostrzegli też kolejni papieże, nie tylko, jak to było w zwyczaju, nie pozbywając się byłego nepota, ale wywyższając go na kolejne prestiżowe stanowiska aż do funkcji wicekanclerza i kamerlinga (skarbnika). Pozwalały mu one na luksusowe życie, pełne typowego dla ówczesnych kardynałów przepychu, ale też nieprzyzwoitości. Rozpustne zabawy czy orgie, utrzymywanie konkubin bądź spędzanie nocy z kilkoma jednocześnie stanowiło w tamtych czasach raczej normę, a nie wyjątek. Kardynał Borgia był przy tym czarujący i inteligentny. Jak barwnie ujął to włoski pisarz Roberto Gervaso, „podobał się mężczyznom  z racji swego umysłu, a kobietom dzięki męskiej urodzie. (...) Był krępej budowy, miał ostre rysy twarzy, byczy kark, oliwkową karnację, wypukłe czoło, czarne oczy, gęste krzaczaste brwi, cofnięty podbródek, duży orli nos, grube wargi, wystające kości policzkowe. Tryskała z niego radość życia i używania (...), uderzała też łagodność obejścia, ogłada towarzyska, sceptyczna ironia i powściągana duma, rozwaga i przenikliwość, elegancja i zdecydowanie, samokontrola i seksapil”.  Krążyły plotki o setkach uwiedzionych przez Borgię kobiet i o nieślubnych dzieciach, ale początkowo kardynał ukrywał wydane na świat owoce swych związków. Dopiero po wyborze na papieża, idąc za przykładem Innocentego VIII, oficjalnie uznał niektóre spośród swych dzieci, głównie te zrodzone z długiego związku z Vanozzą Cattanei, niebogatą, urodziwą blondynką z dzielnicy Zatybrze (Trastevere). Troszczył się o nie, zapewnił im staranne wykształcenie i przyjął na swój dwór, gdy w końcu mógł już zająć długo wyczekiwany urząd. Stało się to w 1492 roku, gdy przekupieni, łasi na stanowiska i apanaże kardynałowie wybrali na papieża właśnie jego. Starszy syn papieża Juan został dowódcą wojsk papieskich, młodszy Cesare Borgia – kardynałem i arcybiskupem Walencji. W kolegium kardynalskim zasiadło około dziesięciu krewnych papieża, jak również Aleksander Farnese (przyszły papież Paweł III), brat nowej konkubiny Jego Świątobliwości, która stała się Giulia Farnese. Znana z urody, nazywana „la bella”, była żoną Orso Orsiniego, ale zaraz po ślubie (albo jeszcze przed nim) zainteresował się piętnastolatką kardynał Borgia. Po objęciu przez niego stolca Piotrowego Giulia zamieszkała w apartamentach papieskich i urodziła kolejnego papieskiego potomka – tym razem dziewczynkę.

Choć jako papież Aleksander VI budził zastrzeżenia swoją postawą moralną, jako głowa Państwa Kościelnego okazał się przemyślnym i zdolnym strategiem. Aby osiągnąć swój cel, nie stronił od szantażu, korupcji, morderstwa albo wręcz małżeństwa – pod tym względem był dzieckiem swej epoki, bowiem jak przekonywał współczesny mu, inteligentny obserwator rzeczywistości Niccolò Machiavelli: „Każdy rozumie, że byłoby rzeczą chwalebną dotrzymywać słowa i postępować w życiu szczerze, a nie podstępnie.  Jednak doświadczenie naszych czasów uczy, że tacy dokonali wielkich rzeczy, którzy mało przywiązywali wagi do dotrzymywania wiary i chytrze potrafili usidlać mózgi ludzkie”. Stosując się do tego motta, Aleksander VI umiejętnie prowadził politykę naprzemiennych sojuszy z Francją i Hiszpanią, a gdy zaistniała potrzeba zagwarantowania Państwu Kościelnemu niezależności – nawet z imperium osmańskim. Udało mu się wymanewrować króla francuskiego Karola VIII, gdy ten najechał na Italię z zamiarem jego detronizacji, mimo że chwilowo musiał się schronić w zamku św. Anioła (castel Sant’Angelo). Z jego następcą zawarł sojusz, który pozwolił w konsekwencji Cesare Borgii pozyskać tereny w środkowej Italii i stworzyć tam księstwo Romanii. Abstrahując od prywatnych korzyści rodu Borgiów, można przyjąć, że powstanie tego księstwa było w interesie samego Państwa Kościelnego nękanego ciągłymi najazdami obcych wojsk i potrzebującego swoistej strefy buforowej. W ten sposób osiągnięto równowagę między Francją a Hiszpanią – państwami rywalizującymi o ziemie i wpływy na Półwyspie Apenińskim. Zawarł też Aleksander sojusz z Florencją, czego konsekwencją było spalenie na stosie niewygodnego dla Medyceuszy, a przede wszystkim dla samego papieża, mnicha Girolamo Savonaroli, pomstującego przez lata na moralny upadek papiestwa i Kościoła. Słowa dominikanina, wygłaszane do florenckiego tłumu, stanowiły zajadłą krytykę postępowania Aleksandra VI: „(…) ze świętych naczyń uczyniłeś naczynia pychy, z sakramentów uczyniłeś przedmiot świętokupstwa, w swej rozwiązłości stałeś się wszeteczną nierządnicą; jesteś gorszy niż odrażające zwierzę”. Skazując Savonarolę na śmierć, papież postępował jak monarcha pozbawiony moralnych rozterek, wybierając mniejsze zło dla dobra swego państwa. Zresztą całe jego myślenie koncentrowało się na doczesności – przede wszystkim na dobru własnej rodziny. Wszystkie plany dynastyczne i wielkie ambicje, związane również z papieską córką Lukrecją, której kolejne małżeństwa miały służyć wzmocnieniu pozycji rodu, zakończyła nagła śmierć Aleksandra VI. Do końca nie wiadomo, co było jej przyczyną – grasująca w mieście w tym czasie „rzymska gorączka”, malaria czy infekcja spowodowana zatruciem pokarmowym. Nie wykluczano również otrucia.

Już za życia Aleksander VI był osobą silnie w Rzymie (i nie tylko) krytykowaną: po pierwsze był obcym – Katalończykiem, co w dużej mierze budziło nieprzychylność. Wywodząc się z drobnej szlachty, wyrósł na reprezentanta jednego z najbardziej znaczących rodów w Italii i już to było dostatecznym powodem niechęci możnych rodów rzymskich, które z upodobaniem poniżał i antagonizował. A gdy to okazywało się nieskuteczne, by niewygodnych przeciwników usunąć, często sięgał po truciznę. Jego ambicje dynastyczne i terytorialne wzbudzały powszechną dezaprobatę zagrożonych władców innych księstw i państw włoskich. W celu pomnożenia korzyści praktykowaną od zawsze sprzedaż kapeluszy kardynalskich zmodyfikował, wystawiając je na licytację wśród najbogatszych. Jawne otaczanie się swymi dziećmi i kochankami i nader świecki styl życia papieża nawet w tamtych czasach – bardzo rozluźnionych obyczajów – uważane były za przesadne. Do tego dochodziły plotki o jego konszachtach z diabłem i kazirodczych stosunkach z córką Lukrecją. Wiele niepochlebnych opinii wyszło z ust, a właściwie notatek papieskiego notariusza i mistrza ceremonii – pochodzącego z Alzacji Johannesa Burckarda, który w najczarniejszych barwach odmalowywał ekscesy Jego Wielebności. Burckard pozostawił też nad wyraz wymowną relację z ceremonii pośmiertnej, w której uczestniczył, opisując powoli czerniejące i pęczniejące zwłoki papieża, siłą wciskane przez grabarzy do zbyt małej trumny.

Początkowo sarkofag Aleksandra umieszczono w bocznej kaplicy bazyliki watykańskiej obok jego wuja, papieża Kaliksta III. Jak wielka była niechęć do rodu, może świadczyć fakt, że w połowie XVI wieku oba groby zlikwidowano, a ziemskie szczątki Borgiów przeniesiono do kościoła Santa Maria in Monserrato (narodowego kościoła Katalończyków i Aragończyków) przy via di Monserrato. Przeleżały tam w zakrystii w ołowianej skrzyni prawie trzysta lat. Dopiero pod koniec XIX wieku wystawiono im, dzięki staraniom króla hiszpańskiego, skromny pomnik nagrobny z medalionami ukazującymi wizerunki dwóch papieży zza Pirenejów, którym u dołu towarzyszą dwie tarcze herbowe (byk jest ich głównym elementem). Inne, widniejące w mieście ślady papieża i jego rodziny konsekwentnie zacierano, zamalowywano i skuwano.

Złą reputację rodu trochę poprawił święty jezuita, pochowany w Rzymie prawnuk Aleksandra VI – Francesco Borgia. Jednakże niechęć do obcokrajowców na papieskim tronie stała się w Wiecznym Mieście od tej pory wręcz obsesyjna.

Aleksander VI doceniał sztukę. Pozostawił po sobie jedne z piękniejszych pomieszczeń pałacu Apostolskiego, a także zdobienia zamku św. Anioła. Jego konkurentem na tym polu w Rzymie był ambitny kardynał Oliviero Carafa.

Budowle i obiekty powstałe za pontyfikatu Aleksandra VI:

•     Rozbudowa zamku św. Anioła
•     Dekoracja apartamentów papieża, między innymi portretem klęczącego papieża, Lukrecji i Cesare – freski Pinturicchio
•     Budowa ulicy via Alessandrina łączącej bazylikę św. Piotra (San Pietro in Vaticano) z zamkiem św. Anioła
•     Budowa kościoła San Rocco
•     Budowa bramy miejskiej w dzielnicy Zatybrze – Porta Settimiana
•     Fundacja ołtarza w kościele Santa Maria del Popolo
•     Pieta (1499) wykonana przez Michała Anioła (Michelangelo Buonarroti) dla bazyliki watykańskiej – fundacja Georges’a d‘Amboise, francuskiego ambasadora w Rzymie
•     Kaplica Męczeństwa św. Piotra (Tempietto) (1502) – autor Donato Bramante – fundacja hiszpańskiej pary królewskiej, Izabeli Kastylijskiej i Ferdynanda Aragońskiego
•     Krużganki kościoła Santa Maria della Pace (1500) – projekt Donata Bramantego, ufundowane przez kardynała Oliviera Carafę
•     Kaplica Carafy  (Cappella Carafa) (1488) – kaplica rodowa w kościele Santa Maria sopra Minerva – freski florenckiego mistrza Filippina Lippiego